COBAES presenta una deserción estudiantil del 8% de su alumnado, situación que, según el director general de COBAES, Santiago Inzunza Cázares, ha sido causada por la pandemia de Covid-19.
A pesar de la situación, Inzunza Cázares afirmó que no consideran esta cifra motivo de alarma, pues, según sus propias palabras, ninguna institución educativa se salvó de la pandemia.
El director aseguró además que ningún estudiante se va de COBAES por falta de recursos, ya que, afirmó, la institución prioriza la matrícula por sobre la recaudación; Como prueba de esto, el educador dio a conocer que dicha institución tiene un programa de exoneración para estudiantes de bajos recursos, así como para estudiantes sobresalientes e hijos de trabajadores.