Gracias a los peritajes se determinó que el párroco Francisco Javier Bautista Ávalos y el joven Hugo Leonardo Avendaño Chávez estuvieron en la iglesia Cristo Salvador el día en que desapareció.
Por lo que el sacerdote fue declarado culpable por el homicidio de Avendaño, diácono y estudiante de la Universidad Intercontinental, quien fue hallado muerto en junio de 2019.
Tras una audiencia el juez del Tribunal de Enjuiciamiento del Sistema Procesal Penal Acusatorio dictó fallo condenatorio en su contra por homicidio calificado. El joven de 29 años, fue reportado como desaparecido el 11 de junio a las 23:00 horas y los últimos datos lo ubicaban en la colonia Aculco, alcaldía Iztapalapa; sin embargo, un día después, su cuerpo fue abandonado en una camioneta en un paraje de la calle Eucalipto, esquina camino a la Mariana, colonia Héroes de 1910 y presentaba signos de tortura y asfixia.
El 13 de junio de ese año, la procuradora (hoy fiscal) Ernestina Godoy informó que el caso de Leonardo no fue un secuestro, pues la familia del joven no refirió que hubiera una llamada para pedir rescate.
Como parte de la indagatoria, la Fiscalía de Homicidios solicitó la emisión de una alerta migratoria para evitar que el probable responsable saliera de México y pidió la colaboración de fiscalías y procuradurías de todo el país para tratar de localizarlo.
Tras una semana de investigación, el 18 de junio, Francisco Javier Bautista Ávalos, ex rector de la parroquia de Cristo Salvador, fue detenido por el delito de homicidio doloso agravado. El sacerdote fue ligado al caso luego de que, horas antes del homicidio de Leonardo Avendaño, fue captado por las cámaras de videovigilancia con él, por lo que el 24 de junio fue vinculado a proceso e internado en el reclusorio Oriente.
Desde la desaparición de Leonardo, la entonces Procuraduría General de Justicia de la Ciudad de México activó la alerta de búsqueda del estudiante, quien el día de sus desaparición vestía un pantalón azul, camisa color claro y zapatos negros. Tras la desaparición del estudiante se inició el expediente AYO/2299/2019.
