La Sala Guadalajara del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación cambió el resultado electoral del municipio de Amatitán con la anulación de una casilla y le quitó la victoria que obtuvo el partido Morena para otorgársela al partido Movimiento Ciudadano, con una restructuración también en la repartición de regidurías.
El 2 de junio, el triunfo lo obtuvo el partido Morena con una diferencia de 75 votos sobre Movimiento Ciudadano. El partido naranja impugnó el resultado, acusando que una integrante de la casilla 40 era funcionaria del DIF Municipal.
Magistrados establecieron que por su posición laboral, la funcionaria podía usar el cargo para ejercer coacción del voto a la ciudadanía por medio de programas sociales y consideraron que era causal para la anulación de la casilla. Con la eliminación del acta de esta casilla viciada, ganó MC el municipio con una diferencia de siete votos. A Morena le queda la impugnación de este resultado electoral ante la Sala Superior del Tribunal Electoral federal.
La Sala Guadalajara también desechó varios juicios de impugnación presentados por los partidos Hagamos y Futuro donde demandaban recuento de votos en municipios de Jalisco. Estos votos son necesarios para incrementar su participación y alcanzar el 3% que les permita conservar su registro como partidos políticos. Las causales para los nuevos cómputos solicitados no procedieron.
En la misma sesión se resolvió modificar la planilla de regidores de Ayotlán, por un tema de paridad de género y se anularon casillas en Yahualica por el evento proselitista que realizó una regidora el mismo día de la elección, pero a pesar de ello, no se modifica la estructura del municipio.
