La Auditoría Superior de la Federación (ASF) detectó irregularidades por 73 millones de pesos en los recursos que recibió Jalisco por parte del Gobierno Federal durante 2021. Como parte del tercer informe de la Cuenta Pública 2021, sumaron observaciones a gastos hechos por el Ejecutivo estatal en rubros como la salud o la educación: 18.7 millones fueron devueltos a la Federación del Fondo de Aportaciones para los Servicios de Salud por no haberse ejercido, haber pagado a personal sin preparación académica requerida o sin evidencia de su registro. También hubo recuperación de 17.1 millones de pesos por excesos de pago a personal por el Fondo de Atención a la Salud y Medicamentos Gratuitos para la Población sin Seguridad Social. Otras irregularidades fueron detectadas en las transferencias de participaciones a los municipios de Jalisco, esto por 130 millones de pesos, teniendo la mayor cantidad Cuautitlán de García Barragán con 51 millones. Advierte también la Auditoría sobre un alto nivel de endeudamiento de Jalisco, el cual asciende a 36 mil millones de pesos, la séptima mayor cantidad por entidad federativa; en 2010, el nivel de deuda era de 22 mil 122 millones de pesos. La ASF lo atribuye "a la reducción de sus ingresos propios, por la expansión de su nivel de gasto, así como por las facilidades de acceso a crédito por parte de la banca". Por municipios, Guadalajara y Zapopan se ubican en cuarto y quinto lugar nacional respectivamente, con montos de mil 401 millones y mil 137 millones de pesos de deuda.