Para ser funcional y eficiente, la Fiscalía General del Estado debe ser autónoma, independiente e imparcial, debe contar con un plan de persecución penal en vez de una persecución por delitos, las investigaciones deben realizarse en torno a unidades de análisis criminal además de contar con sistemas informáticos para registrar fenómenos criminales, carpetas de investigación y atención a víctimas.
Estas son parte de las propuestas que más de 50 Organizaciones realizaron para que el actual sistema de investigación derive en la detención, consignación y sentencias de los implicados en la consecución de delitos y que fueron encabezados por el Comité Coordinador del Sistema Estatal Anticorrupción.
Otras iniciativas son: que la Fiscalía asuma como propios los principios del sistema penal acusatorio, que las actuaciones sean de acuerdo con parámetros nacionales e internacionales de protección de derechos humanos, que el desarrollo de las investigaciones sea bajo control judicial, que se fortalezcan las Unidades de Supervisión de Medidas Cautelares y que las denuncias puedan interponerse ante cualquier autoridad de seguridad y justicia.