Al terminar la administración estatal, se combatió un problema grave en la operación de los 12 reclusorios de Jalisco: la sobresaturación. Si bien se combatió el tema del hacinamiento, prevalecen otras problemáticas dentro de las cárceles jaliscienses: la presencia de grupos de control, encabezados principalmente por la delincuencia organizada.
Datos del gobierno federal señalan que son integrantes de 10 estructuras criminales las que conviven en los ocho Centros Integrales de Justicia Regional (Ceinjures) y las cuatro comisarias existentes. El director general de Prevención y Reinserción Social, José Antonio Pérez Juárez, afirma que en estos seis años dejó de operar un autogobierno y se generó un "cogobierno". Reconoce que grupos criminales aún controlan varios aspectos de la vida interna del reclusorio.
"No de autogobierno, pero sí de poderes fácticos en uno o dos centros penitenciarios del Estado, pero que si volteamos un poquito hace seis años donde tenían el control total de varios centros del estado, creo yo que el avance fue sustancial, mucho muy importante. Yo me atrevo a sostener que en este momento no existe autogobierno como tal pero quiero aclarar, no quiero confundir se tiene conceptualizado dos figuras fácticas que es autogobierno y co-gobierno". expresó José Antonio Pérez Juárez, director general de Prevención y Reinserción Social.
Reconoció que es difícil erradicar un problema que se consolidó desde hace muchos años. En el caso de la Comisaria de Prisión Preventiva, tras la salida en octubre de Rodrigo "A", alias "El Moto" o "El Monti", el autogobierno de Puente Grande ha recaído en varios grupos que se disputan el poder, pero relacionados con el grupo criminal Cártel de Jalisco Nueva Generación. Actualmente se afirma que es una persona apodada "El Tom" quien mantiene el liderazgo.
La sobresaturación era uno de las grandes problemáticas en los reclusorios, pero esto cambió pues afirman, los jueces han permitido trasladar a muchos de los reos a otros centros carcelarios. Acusaron que el Gobierno de la República no aportó un solo peso al estado a pesar de que hay mil 828 reos por delitos federales, que serían su responsabilidad. "Logramos abatir esa sobrepoblación con una redistribución. Resulta que por ejemplo los centros regionales de Puerto Vallarta estaban subutilizados, había muchísimo espacio, además todavía no los llenamos y todo se concentraba precisamente en el Reclusorio Preventivo", agregó el director.
A octubre de este año, había 13 mil 188 personas detenidas en las 12 cárceles de Jalisco, siendo en la Comisaría de Prisión Preventiva, la Comisaría del Reclusorio Femenil y la Comisaría del Reclusorio Metropolitano, todas ubicadas en la Zona Metropolitana de Guadalajara, las únicas tres que presentan sobresaturación de 18.3%, 5.6 y 3.2% respectivamente.
Del total de reos en cárceles de Jalisco, 86 por ciento son por delitos del fuero común y 13.8 por ciento delitos federales. La mayor cantidad de reos federales están en la Comisaría de Prisión Preventiva, donde 17 por ciento de la población son del orden federal, principalmente, reclusos trasladados tras el cierre del Centro Federal de Readaptación Social de Puente Grande. En Jalisco hay siete mil 346 personas procesadas y cinco mil 842 sentenciadas.
Existe una preocupación por la reforma judicial y el impacto que eso pueda acarrear al sistema penal, con el nombramiento de jueces y magistrados. Señalaron que de nado servirá una reforma de este tipo si no va acompañada de una reforma también en la operación de los ministerios públicos, que son quienes más saturan de procesados las prisiones. "Yo no creo que vaya a funcionar en lo más mínimo, porque es como construir una casa sin cimientos. Hay que trabajar en el cimiento, que es la Fiscalía", concluyó.