La renuncia del ministro Eduardo Medina Mora confrontó a los legisladores de Morena y la oposición, pues estos piden que justifique su renuncia ante el Senado y comparezca, ya que los ministros de la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) sólo pueden renunciar por causas graves y con la aprobación de la Cámara alta. El 3 de octubre, sin expresar motivos, Eduardo Medina Mora informó de su renuncia al presidente Andrés Manuel López Obrador.
Senadores de PAN, PRD y MC coincidieron en que el Senado debe discutir a fondo si acepta o no la renuncia, Sin embargo, el líder de Morena en el Senado, Ricardo Monreal afirmó que el ministro ya declinó comparecer. Frente a este hecho, el senador por Querétaro Mauricio Kuri González manifestó que, para evitar especulaciones, lo mejor hubiera sido saber, de viva voz, cuál fue la causa grave que lo orilló a renunciar a su cargo, donde debía permanecer otros 11 años, ya que fue elegido para un periodo de 15.