La pandemia del covid 19 dejó ausencias, tras el primer caso ocurrido el 6 de marzo de 2020 en un hombre de 71 años residente de Huixquilucan que había viajado a Italia.
En ese mismo año, la Secretaría de Salud informó el primer fallecimiento de una persona de 42 años que había sido hospitalizada por el virus, sin antecedentes de haber viajado.
El miedo al contagio y la infodemia, causó que el primero de mayo de 2020 en el Hospital General "Las Américas" en Ecatepec algunas familias ingresaron por la fuerza agrediendo a un médico, a personal de vigilancia y administrativo
En los primeros seis meses de la pandemia en la entidad se contabilizaron 72,435 defunciones, lo que llevó a la instalación del Laboratorio Estatal de Salud Pública .
Ante la ola de contagios y decesos, el ISSEMyM reconvirtió 13 hospitales y clínicas regionales para atender a pacientes con la covid y con otros padecimientos, cuyos padecimientos llevaron a la escasez de algunos medicamentos
Fue entonces que Julia e Isaías, ambos de 73 años fueron los primeros adultos mayores en vacunarse contra el Covid-19, en febrero de 2021 en Temoaya, sin embargo al término de las primeras dosis de vacunación la secretaria de salud detectó siete casos de las variantes Beta, Gamma y Delta
El 14 de diciembre de 2021, la Iniciativa mundial para combatir todo sobre la influenza reportó tres casos de la variante ómicron: dos en Ciudad de México y otro en el Estado de México, considerada como la más contagiosa.