El río Lerma no es el único cuerpo de agua que está contaminado, a nivel nacional, existen otros ríos o cuencas con altos niveles de contaminación, estos son El Río Santiago, en Jalisco, pues recibe descargas de más de 300 industrias del corredor industrial Ocotlán-El Salto.
La presa Becerra, hoy se ha convertido en un vertedero de basura y agua residual; el Río Grijalva, en Chiapas ya que habitantes aledaños aseguran que aproximadamente 20 mil toneladas de basura son depositadas en este río: el río "Sabinal" en Tuxtla Gutiérrez, contaminado principalmente por descargas de aguas negras, las cuales son provenientes de uso doméstico, del sector agrícola y algunas industrias.