Estudiantes y académicos de la universidad Veracruzana (UV) mediante un estudio para revisar las afectaciones al medio ambiente y la ecología de la región, encontraron que la ruta que se tenía planteada para el nuevo puerto, afectaba algunos arrecifes que forman parte del Sistema Arrecifal Veracruzano.
Por ello mediante trabajos de investigación, lograron el cambio de ruta de las embarcaciones a fin de proteger la zona arrecifal y la reducción de la extracción de basalto.
Desde el 2013, la Universidad Veracruzana funge como Acreditado Ambiental de la Administración Portuaria Integral de Veracruz (APIVER), a fin de generar proyectos orientados al cumplimiento ambiental de la obra del Nuevo Puerto.