La Administración Portuaria Integral de Manzanillo está concesionada hasta el año 2044.
De acuerdo al título de concesión emitido el 2 de febrero de 1994, el Gobierno Federal por conducto de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes, representada, en ese entonces, por Emilio Gamboa Patrón, otorgó la concesión por 50 años en favor de Administración Portuaria Integral de Manzanillo, S.A. de C.V., representada en esa fecha por Luis Carlos Cao-Romero Ramos.
API Manzanillo se creó formalmente en 1993, pero hasta febrero del año siguiente se otorgó el título de concesión que permite administrar, promocionar, construir, desarrollar y mantener la infraestructura del recinto portuario.
En ese entonces, su superficie en el puerto de Manzanillo era de 30 hectáreas y en su jurisdicción en San Pedrito, de 406; para el 2016, su extensión se estimó en mil 462 hectáreas.
Hasta julio del 2020, API Manzanillo acumula un movimiento de carga comercial, incluyendo productos petroleros, de 18 millones 821 mil 96 toneladas, cifra 8.2 por ciento abajo de la lograda en el mismo periodo del 2019.
La carga general del puerto ha disminuido este año en 15.4 por ciento, con una baja de 37.1 en automóviles, 6.3 en carga contenerizada, 7.6 en TEUS y 8.6 por ciento en buques de gas natural.
En su primer año de operación movió 4 millones 264 mil 81 toneladas, y su mejor año en la historia ha sido el 2018, en que acumuló 36 millones 53 mil 183 toneladas.
A pesar de haber disminuido sus cifras, tiene la mayor participación en el movimiento de carga de todo el país y representa el 10 por ciento de la recaudación nacional de aduanas.
De acuerdo a la Comisión Económica para América Latina y el Caribe (CEPAL), entre 31 países y 118 puertos, el de Manzanillo, Colima, ocupa el tercer lugar, debajo de puertos de Panamá y Brasil.
Opera como un puerto sin papeles, con una plataforma digital de más de 6,300 usuarios; y sus terminales e instalaciones, están cesionadas a empresas de capital privado, nacional y extranjero, por un promedio de 20 años, las cuales pueden ser prorrogables.
Hasta el 2018, se le han invertido más de 195 millones de dólares.
Recientemente, el presidente de México, Andrés Manuel López Obrador, anunció como nuevo titular de API Manzanillo al almirante Salvador Gómez Meillón, quien fungía como comandante de la Sexta Región Naval, en tanto, permanece Rubén Navarro Barrio como encargado de despacho.