El actual Sistema de Pensiones Civiles del Estado fue creado en al año 1962, la última reforma se hizo en 1970 y desde entonces no ha tenido modificaciones. Los adeudos comenzaron a generarse desde hace cuatro administraciones aproximadamente, debido a retenciones que se hicieron a los trabajadores que no se entregaron al fondo de pensiones y lo cual a generado problemas financieros en Gobierno del Estado.
El pasivo generó que se ordenará una auditoría al Sistema de Pensión que realizó el Órgano Superior de Auditoría y Fiscalización Gubernamental del Estado y que arrojó como resultado una deuda de 800 millones de pesos, eso sin tomar en cuenta los adeudos de los ayuntamientos de Colima, Villa de Álvarez, Comala y Manzanillo. La cifra total podría superar los mil millones de pesos, de acuerdo con Martín Flores Castañeda, líder del Sindicato de Trabajadores al Servicio del Gobierno del estado.
Según un diagnóstico realizado por una empresa de actuaría en el año 2017, el Gobierno del estado destinó 772 millones de pesos por concepto de pensiones por lo trabajadores, monto que seguirá creciendo mientras no se haga la reforma la Ley de Sistema de Pensiones.