El 5 de septiembre de 2018, Gabriel Verduzco Rodríguez fue designado por el gobernador de Colima, José Ignacio Peralta Sánchez, como el primer titular de la Fiscalía General del Estado, aprovechando la facultad que para ello le confería un artículo transitorio de la reforma que convirtió a la Procuraduría General de Justicia del Estado en esta nueva institución con autonomía constitucional.
Asimismo, el titular del ejecutivo propuso al congreso local a Francisco Álvarez de la Paz como titular de la Fiscalía Especializada en el Combate a la Corrupción.
En noviembre de 2015, la constitución política del estado fue modificada para dar paso a la creación de una Fiscalía General para reemplazar a la PGJ, y fue en marzo de 2018 cuando el Congreso Local aprobó la Ley Orgánica de este organismo.
El 21 de agosto de ese año, la ley orgánica fue publicada en el periódico oficial "El Estado de Colima" para abrir el plazo de diez días hábiles para que el gobernador nombrara directamente al primer fiscal. El mandatario convocó a la sociedad civil organizada para conocer sus propuestas, de lo cual se desprendieron 13 nombres propuestos, y se formó un comité ciudadano para evaluarlas.
En los primeros días de noviembre de 2019, fue integrada dentro de la Fiscalía General del Estado, la Fiscalía Especializada en Desaparición de Personas. El titular del organismo es el abogado Fernando Arturo Vega Alcaraz, que recibió el nombramiento del fiscal general, Gabriela Verduzco Rodríguez y fue ratificado en el cargo por los diputados locales el 14 de noviembre. La fiscalía está integrada por un titular, los ministerios públicos y auxiliares que resulten necesarios, policías investigadores, personal pericial, personal técnico especializado y una unidad de análisis de contexto y debe trabajar de forma coordinada con el Sistema Nacional de Búsqueda de Personas Desaparecidas y no localizadas y la Comisión Estatal de Búsqueda de Personas Desaparecidas.
Dentro de la FGE, además existen las fiscalías especializadas en materia de derechos humanos, delitos electorales y de asuntos internos.