Desde 1930 se tienen registros de avistamientos de cocodrilos en lagunas, mantos acuíferos, en el mar y las playas colimenses, derivado de que su hábitat va quedando reducido a parches o islas por el crecimiento turístico, urbano e industrial. Así se informa en una investigación realizada a través de la Universidad de Colima.
Los escritos históricos señalan que fue en el periodo de Griselda Álvarez Ponce de León cuando se trajeron del sur del país ejemplares de cocodrilos para repoblar.
Por lo que se observaban cocodrilos en el río Armería, en la laguna de Cuyutlán y en Manzanillo; pero también en las inmediaciones de los ríos de la capital de Colima, por ejemplo en el arroyo Pereyra.
En un recuento, del 2007 al 2020 se han documentado once accidentes entre cocodrilos y humanos, de los cuales uno ha sido mortal, así se señala la investigación "Desarrollo costero provoca accidentes con cocodrilos", de la Universidad de Colima.
Señalando que se ha implementado el Programa de Manejo y Conservación de Cocodrilos, el cual se enfoca en la investigación sobre ecología poblacional, señalética en los lugares donde habitan, atención SOS-cocodrilos para situaciones de riesgo, capacitación continua sobre el manejo, captura y contención de cocodrilos, y gestión y sensibilización a través de charlas.
En donde participan distintas autoridades de cuidado y medio ambiente, la Máxima Casa de Estudios y algunas unidades de manejo de fauna silvestre como el Centro Ecológico de Cuyutlán, El Palapo, La Colorada, y asociaciones civiles.