La Universidad de Colima recibirá como parte del presupuesto estatal del ejercicio fiscal 2020, la cantidad de 286 millones 605 mil 272 pesos, es decir, 15 millones de pesos más que en 2019 cuando recibió 271 millones 605 mil 272 pesos. Además, por concepto de subsidio federal ordinario y extraordinario se le incrementaron 59 millones de pesos, al pasar de mil 587 millones 691 mil 642 pesos en 2019, a mil 646 millones 533 mil 734 pesos para el 2020. Lo que quiere decir que, sumadas estas cantidades, la máxima casa de estudios recibirá 74 millones de pesos más el próximo año.
A través de estos recursos, la institución educativa puede presumir de otorgar altos salarios a algunos de sus trabajadores, ejemplo de ello, es el rector José Eduardo Hernández Nava, quien percibe un salario base de 187 mil 532 pesos, de acuerdo con información periodística., pues la página de transparencia no cuenta con esta información.
El presupuesto también alcanza para pagar las altas pensiones de ex rectores de la Universidad, pues de acuerdo con ex secretario general del SUTUC, Leonardo César Gutiérrez, hasta el 2013, Fernando Moreno Peña y Carlos Salazar Silva ganaban 146 mil, 890 pesos mensuales, Miguel Ángel Aguayo 131 mil 296 por mencionar algunos.
Al presupuesto anual se suman gastos como el pago de al menos tres familiares directos de Hernández Nava, se trata de su esposa Alicia del Carmen López Preciado con el cargo de directora del Centro de Desarrollo de la Familia Universitaria, quien de acuerdo con la Plataforma Nacional de Transparencia en 2013 percibía un sueldo mensual de 92 mil 653 pesos, su hijo, Carlos Eduardo Hernández López quien tiene dos puestos; el de subdirector de patrimonio cultural y profesor por horas de la facultad de Arquitectura y Diseño, así como un hermano del dirigente de la máxima casa de estudios. De acuerdo con datos periodísticos actualmente ganan más de 200 mil pesos mensuales más aguinaldo, bonos y el pago por recontratación y asesorías, entre otros apoyos de logística y seguridad.