De acuerdo con especialistas del medio ambiente Colima enfrenta una deuda ambiental.
En el 2021 se presentó un informe en donde se atendieron 568 solicitudes de trámites; 136 para la gestión ambiental de los residuos de manejo especial, 115 resoluciones en materia de evaluación de impacto ambiental, 16 de dasonomía, 2 licencias ambientales de funcionamiento para el sector industrial, 283 acciones de revisión de condicionantes de cumplimiento ambiental, 14 de inspección y vigilancia, así como 2 resolutivos administrativos, en donde algunas terminaron en sanciones, multas e incluso clausuras.
Lo anterior para fortalecer el manejo adecuado de los recursos naturales y para prevenir o mitigar futuros impactos negativos al ambiente.
Diversos ambientalistas han referido que se encuentra pendiente el proyecto de uno de los principales pulmones verdes es la zona de la Calzada Pedro A. Galván, en donde se encontraban las instalaciones de la XX Zona Militar, con una superficie de 15.06 hectáreas, pues esta zona se ha convertido área de escritorios y oficinas, a pesar que desde el 2019 se planteó que la antigua Zona Militar se decretara como un Área Natural Protegida para convertirse en un parque estatal con jardín botánico, hasta la fecha no se ha concretado.
Por otro lado la entidad carece de información sobre el monitoreo de la medición de calidad del aire, así refieren el Sistema Nacional de Información de la Calidad del Aire, pues al situarse en el mapa sobre la entidad se señala que "no tiene datos", revisando los informes de años anteriores arroja la información que desde hace ocho años no se tienen registros sobre esta medición.