La entidad colimense por su ubicación geográfica presenta una importante diversidad de ecosistemas habitando gran variedad de organismos, por esto mismo el territorio está expuesto a una gran serie de riesgos ambientales, esto de acuerdo con estudios e informes de medio ambiente y desarrollo sustentable.
Lo anterior se debe al crecimiento de la mancha urbana por los cambios de uso de suelo que ha provocado deficiencias en la biodiversidad, resaltando la forestal con el daño de árboles que captan gases contaminantes y el agua de lluvia así como la reducción de la temperatura, por ejemplo en la zona de Cerro Grande, que es la principal fuente de agua para la zona metropolitana.
Ante esto desde hace unos años se ha visto en la necesidad de intervenir con la reforestación para facilitar la estabilidad en el ambiente y promover su mejoramiento.
Algunos de los árboles que son propicios para la siembra en la entidad colimense son los cultivos maderables como chacte-viga, caobilla, macuilis y primavera.
Pero también los frutales como limón, tamarindo, aguacate, ciruelo y ciruela mexicana; y por otro lado los agroindustriales, café arábica, agave, nopal, palmilla y olivo.