La entidad cuenta con tres rellenos sanitarios, el primero se encuentra en Villa de Álvarez que recibe desechos de los municipios de Colima, Villa de Álvarez, Cuauhtémoc, Comala, Coquimatlán y Minatitlán; hay otro en Tecomán a donde llega la basura de este mismo municipio además de los de Ixtlahuacán y Armería, y el tercero se ubica en Manzanillo.
Se reconoce que no existe una correcta separación de residuos, sin embargo existen iniciativas ciudadanas que generan acciones positivas, por ejemplo, los colonos de Las Palmas, en la capital, tienen una correcta separación de basura.
Catalina Rodríguez, fundadora Iniciativa Ciudadana Ambiental, detalla: "En esta colonia empezamos justamente con el módulo de separación, empezamos a hacer esta gestión comunitaria de residuos con excelentes resultados pero no nada más hemos separado residuos sino que hemos implementado otros módulos con la participación vecinal".
Al 2023 han acopiado un aproximado de 17.8 toneladas de Residuos Sólidos Urbanos, esta iniciativa inició en el 2014 con el propósito de evitar la contaminación del medio ambiente.
Mientras que José Luis Ramírez, participante Iniciativa Ciudadana Ambiental explica cómo es su separación de residuos: "Que el cartón esté donde debe estar, el aluminio, el vidrio, la separación de los colores y todos los días cada uno en sus ratos libres venimos y le dedicamos un poco de tiempo".
Elías López, participante Iniciativa Ciudadana Ambiental, señala: "Pues ya han venido de colonias a visitarnos, siempre les hemos dicho de ir a visitarlos ir a ofrecerles apoyo, orientación pero cuesta".
Ignacio Chavoya, Coordinador Iniciativa Ciudadana Ambiental, comparte: "En todas las colonias del estado urge que se hiciera, porque en realidad nosotros estamos convencidos del beneficio ecológico, del beneficio que hacemos a la naturaleza al verter menos residuos a la basura".