Si bien la lluvia es favorable para los cultivos colimenses, sin embargo también existen los efectos negativos y en esta temporada son dos los catalogados; el primero tiene que ver con la anegación, o más común encharcamientos, y el segundo los daños físicos a las plantas.
Y lo que suele ocasionar el incremento de hongos, plagas y la propagación de enfermedades transmisibles, por ejemplo la alternaria, enfermedades de raíz y cuello. En Colima se han registrado daños graves a los cultivos de hortalizas y los productos que más suelen ser protegidos son la zarzamora y frambuesas.
En 2022 las temporada de lluvias provocó afectaciones en más de 2 millones de hectáreas de cultivos en todo el territorio nacional mexicano, y se menciona que los cultivos mayormente afectados fueron la cebolla, papa, frijol, maíz, café, naranja, limón, guayaba y el arroz.
Este 2023 se pronostica como uno de los años más lluviosos por efecto de un intenso fenómeno de El Niño. Y también se explica que los huracanes tropicales son la catástrofe más extendida y dañina para los cultivos, no sólo por la acción del viento, sino también por las inundaciones.
Otra situación que provoca es la escasez de alimento y complica la movilización de los animales en zonas rurales.