Durante la administración del gobernador José Ignacio Peralta Sánchez se ha reportado el mayor desabasto de medicamentos y aunque en los últimos meses del 2019 las autoridades negaron el problema, la cantidad de quejas por parte de los derechohabientes iban en aumento.
En 2016 la molestia por parte de la población surgió por falta de medicamento para la influenza, e insumos como jeringas, gasas, entre otros.
En enero de 2017, el sindicato de la Secretaría de Salud denunció que la seguridad de los trabajadores estaba en riesgo por la deplorable situación en la parte de suplencias y desabasto de medicamentos, pues llegaron a recibir amenazas. En marzo de ese mismo año el personal médico decidió suspender cirugías programadas por no contar con los materiales necesarios para atender a los pacientes.
Durante el 2018, trabajadores del Hospital Regional Universitario advirtieron la carencia de material de curación e insumos quirúrgicos como; medicamentos, laboratorio, rayos X y cobertura de suplencias.
En abril de 2019, la líder sindical, Dolores González Meza, señaló que el problema de desabasto de medicinas y material médico se debía a adeudos de años anteriores con proveedores. En mayo del mismo año González Meza se volvió a pronunciar sobre el tema y exigió que la autoridad resolver la problemática, aunque hoy decidió guardar silencio sobre el tema.
Las quejas además han surgido por desabasto de materiales de curación y medicamentos en el ISSSTE. En mayo de 2019, el líder sindical mostró su preocupación por los faltantes en las tres unidades de atención médica en el estado de Colima. Señaló que esta situación les trajo serios problemas a los trabajadores, pues eran víctimas de agresiones verbales por parte de los derechohabientes.
Con respecto al IMSS, el último pronunciamiento del líder sindical fue en noviembre de 2019, cuando anunció la cancelación de consultas los sábados por falta de recursos. Rafael Ruvalcaba informó que el programa denominado "Cobertura del Sexto Día" no cuenta con presupuesto definido.