La propuesta del Gobierno Federal de desaparecer los organismos autónomos, ha dejado diversas opiniones políticas que manifiestan que dicha intención se trata de un retroceso total en la democracia .
Miguel Ángel Lazalde, presidente estatal del PRD argumentó que durante años se buscó pelear contra el estado represor, para que los organismo autónomos dieran certeza a los mexicanos de saber en que se usaban sus aportaciones; ahora el presidente de la República quiere barrer con los institutos que dan transparencia y supervisión a su trabajo.
Por otra parte, Gustavo Gamero presidente de la Barra Mexicana de Abogados en Durango, opinó que esta circunstancia tiene que analizarse más a fondo, ya que los organismos autónomos ya están regulados jurídicamente. Por ello, se pudiera interpretar que las decisiones que se están tomando desde la federación al respecto pudieran apuntar a que se realizan con fin político.
Finalmente, el senador, Ismael Hernández Deras señaló que este tema es preocupante para todos aquellos que desean que siga habiendo, existiendo y ampliándose los equilibrios en los poderes; es decir, que si crea un poder unipersonal pudiera generar riesgos para el bien de la democracia en México.