A 231 años de su fallecimiento, fue encontrado el lugar exacto donde se ubica la tumba con los restos de Fray Antonio Alcalde, aún cuando todo mundo creía que el féretro estaba empotrado en el muro poniente de lo que se conoce como Presbiterio en el Santuario de Nuestra Señora de Guadalupe, debido a que ahí estaba una lápida, esta creencia fue incorrecta.
Gracias una investigación por parte del presbítero José Manuel Gutiérrez, se hizo el descubrimiento, explicó el Presbítero Investigador y cronista de la Arquidiócesis de Guadalajara, Tomás de Hijar. "El investigador y presbítero buscó en los libros de gobierno de la Parroquia del Santuario, dio con un dato segun el cual el féretro de Fray Antonio se había sacado del monumento funerario externo para depositarlo a un metro y medio en el subsuelo"
La tecnología 3D que utilizaron fue importante para poder dar con la tumba, que está a 1 metro de profundidad, el Ingeniero Héctor Robledo del grupo "Expedición Extrema" a cargo de la investigación con aparatos sofisticados, explicó la hazaña. "Ubicamos con el radar la anomalía, que aproximadamente mide 1.70 por un metro a una profundidad de 60 centímetros empieza lo que es la loza, esa loza a unos 75 centímetros, empieza lo que es la tapa del féretro"
Las investigaciones por parte de los expertos y autoridades eclesiásticas continuarán para poder tener una mayor certeza de los hechos; sin embargo, este hallazgo es muy importante ya que se está llevando a cabo el proceso de canonización.
El propio Fray Antonio Alcalde, fue quien pidió que se le sepultura en ese lugar y no en la Catedral , de haber sido así, este proceso habría sido más complicado, mencionó el Padre Tomás. "Le puedo decir ya que está el 100% de los documentos para que a fase diocesana termine, lo único que nos falta es que el Arzobispo de Guadalajara reconozca al actor de la causa de canonización que según yo tiene que ser el párroco del Santuario de Guadalupe"