Organizaciones de la sociedad civil ven a bien el hecho de que los llamados "Órganos autónomos" sean absorbidos por el Gobierno Federal, derivado de que efectivamente dichas organizaciones no han funcionado como se esperaba a falta de voluntad politica, sin embargo, de manera paralela esperaan que se fortalezca y se valore la participación de las organizaciones civiles que son los auténticos observadores de la función pública y que buscan la transparencia, así como el diálogo abierto con la administración pública, apuntaló Carlos Silva López, Presidente del Consejo Estatal de Organizaciones de la Sociedad Civil en el Estado de Guanajuato.
El Líder las ONG's en Guanajuato señaló que los llamados órganos autónomos fueron creados por el gobierno para cuidar al gobierno y además dependen del presupuesto público, lo que cuestiona su autonomía, a diferencia de las ONG's que no dependen de recursos federales, estatales o municipales.