La Comisión Nacional del Agua (CONAGUA) mediante una opinión técnica de la formación del socavón en Santa María Zacatepec, informó que este fenómeno se originó de forma natural debido a la formación de cavernas o dolinas, el cual obedece a un proceso natural de disolución de las rocas calcáreas o calizas, las cuales eventualmente pueden colapsar u obstruirse en forma natural y abrirse posteriormente.
En este informe destacan otros puntos que señalan que no existe evidencia de abatimiento de un acuífero; es decir, no existen elementos para establecer una relación causal del fenómeno de hundimiento a partir del proceso de variación de niveles del acuífero o sobre explotación de agua.
Ante estos argumentos, el gobernador de Puebla realizó una declaración que cuestiona fuertemente el dictamen de CONAGUA, pues aseguró que elementos de esta comisión sólo se presentaron una vez a realizar inspecciones oculares, por lo que después ya no se presentaron al lugar.
El gobierno de Puebla afirma que en este lugar sí se ha presentado una sobreexplotación de agua, por lo que se planea realizar más a fondo un estudio que determine las causas reales de este hecho.