El conflicto sindical que enfrenta la Universidad Pedagógica Nacional del Ixtepec, tiene sus orígenes a la falta de emisión de convocatoria para llevar a cabo el relevo del comité y coordinadora delegacional, así como el nombramiento de directivos, según profesores de esa casa de estudios.
Quienes recientemente denunciaron los intentos de generar violencia, el Instituto Estatal de Educación Pública de Oaxaca, a través del jefe de la unidad de formadores docentes al intentar ingresar a la unidad a sabiendas de que existe un conflicto interno.
Cabe señalar que la problemática ha escalado provocando reacciones entre los estudiantes quienes al ver las carencias que enfrenta la escuela, han bloqueado la carretera exigiendo la intervención de las autoridades competentes.
Según los maestros en el comité seccional de la secretaría de actas y acuerdos de la sección 22 se infiltró un vocero del IEEPO y del gobierno, quien ha estado manipulando las actas a favor de un grupo violento al interior de la UPN, además de manipular a los jóvenes que ni si quiera pertenecen a la universidad, lo único que buscan es seguir haciendo desmanes al interior de la institución educativa.
El conflicto he dejados perdidas a la institución, como es la quema de un autobús, salones en pésimas condiciones, bloqueos de carreteras por parte de alumnos de la Lic. En Intervención Educativa, quienes supuestamente luchan por encontrar una solución a las carencias que enfrenta la institución y así tener una mejor formación educativa profesional.