Los Valles Centrales de Oaxaca enfrentan una severa crisis por la contaminación en los ríos Atoyac y Salado ante la descarga equivalente a 124 pipas de aguas negras cada hora o 36 litros por segundo. Conforme a la Carpeta Informativa: Contaminación del Medio Ambiente, elaborada por el Centro de Estudios Sociales y de Opinión Pública de la 65 Legislatura local
Según el Atlas de Calidad de Agua 2022 la información recabada no cumple con el límite permisible de la NOM-127-SSA1-1994 y puede representar un riesgo a la salud humana.
Estos ríos se han convertido en cuerpos hídricos con alta contaminación, porque en ellos se depositan las aguas negras de 34 municipios cercanos.
A su vez, en Pinotepa de Don Luis, Santo Domingo Tehuantepec, y Santa María Petapa se reportaron altos niveles de nitratos y sulfatos que ocasionan graves daños a la salud animal y humana o el caso de Santa María Peñoles fue el municipio que presentó un por encima de los parámetros
De acuerdo a estudios de la Semarnat, Oaxaca tiene un total de 12 focos rojos de contaminación y además las labores de mitigación son insuficientes o nulas.
La imagen de una excavadora en julio del 2023 de Juchitán que retiraba cientos de peces del agua del río para enterrarlos posteriormente en un basurero dejó en claro la preocupación de investigadores de las condiciones de una de las lagunas de ese municipio donde ninguna de las dos plantas de tratamiento de aguas residuales o relleno sanitario funciona, entonces desde hace 8 años las aguas negras caen en este afluente natural mediante un colector colocado de manera directa.
Más del 70% del drenaje colapsado del municipio en Tehuantepec ha sido en varias ocasiones el enojo de habitantes, en lugar de calles, prácticamente muchas se convirtieron en arroyos de aguas negras, aunque de acuerdo a las autoridades municipales han iniciado 4 proyectos de drenaje sanitario y también de atención a la zona urbana, conjuntamente con la Comisión Nacional del Agua (CONAGUA),
Alcaldes, representantes del sector privado y de la sociedad civil del sur de Oaxaca advierten que, sin la llegada previa de esta infraestructura esencial, difícilmente se logrará el anhelado desarrollo integral del Istmo de Tehuantepec.