En la región Ciénega existen diversos factores que contaminan el agua superficial utilizada para riego de parcelas, como es el uso de agroquímicos estos terminan en el sistema de drenes, los cuales también forman parte del sistema de riego y la falta también de tratamiento de aguas residuales
Investigadora de la Unidad Académica de Estudios Regionales, Adriana Sandoval Moreno, aseguró "Más son las aguas residuales municipales que estas van prácticamente como fueron usadas a formar el sistema de riego"
La existencia de los basureros municipales que durante el temporal de lluvias todos los lixiviados son arrastrados por el agua contaminando el agua superficial también forma parte de los factores, es importante entender que en nuestra mesa servimos alimentos que fueron regados con agua contaminada, desconociéndose la magnitud del impacto que tiene el consumo de estos alimentos.
,Adriana Sandoval Moreno, comentó "Es la responsabilidad del estado ver que el agua tenga una gestión eficiente que atienda a que toda la población tenga agua y agua de calidad y al saneamiento de las aguas"
El problema de contaminación del agua en la región Ciénega es tan amplio y complejo que no solo recae la responsabilidad en el estado, sino también en las empresas de la región en su mayoría procesadoras de alimentos y lácteos que arrojan sus desperdicios a los ríos, limitando la disponibilidad del agua, otro agente responsable somos los ciudadanos pues somos quienes la consumimos y también generamos residuos que contaminan las aguas.