En el municipio de Jiquilpan hay problemas de manejo de residuos, contaminación de cuerpos de agua, problemas migratorios, estos temas son trabajados por investigadores de la Unidad Académica de Estudios Regionales (UAER), con la intención de realizar políticas públicas para solucionar estas problemática el ayuntamiento de Jiquilpan firmó un convenio de colaboración con la UAER.
Uno de los problemas que se consideran prioritarios para la administración actual es la contaminación del río Jiquilpan por los desechos arrojados principalmente por descremedoras y otro de los problemas son las inundaciones en la zonas bajas del municipio.
Este tipo de convenios representan una buena oportunidad para trabajar los problemas que se presentan en el municipio ya que son muy variados en distintos aspectos sociales, económicos y culturales.