La escasez de agua y la contaminación de afluentes ha provocado que en algunos municipios de la cuenca del Río Duero, utilicen aguas residuales para los cultivos de fresas y hortalizas plantados a cielo abierto.
Después del brote de hepatitis por consumo de fresas contaminadas en Estados Unidos y Canadá, se presentaron diversas alertas sanitarias y creció la preocupación de los productores y ambientalistas por la contaminación del río, ya que muchos pequeños agricultores utilizan agua contaminada para el riego de fresas y hortalizas.
Hay una serie de riesgos para la salud asociados con el riego de aguas residuales para los cultivos de alimentos, en particular con las técnicas de riego superficiales, ante los nuevos brotes de enfermedades se hace un llamado a reforzar la vigilancia fitosanitaria. De acuerdo a estudios microbiológicos realizados en la cuenca, se han detectado altos niveles de patógenos de e-coli y salmonella, por uso de aguas residuales.