La regulación de las especies permitidas de extracción para el consumo humano lo hace la Comisión Nacional de Acuacultura y Pesca (CONAPESCA).
De manera local, cada cooperativa o federación estipula la cantidad de producto a sacar para evitar desperdicio. Asimismo, en Zihuatanejo se tiene una zona de pesca delimitada de hasta 60 millas alrededor del puerto.
De acuerdo a los pescadores, no hay posibilidad de quedarnos sin especies, toda vez que, muchas son de temporada y tiene un trayecto de migración.
Según pescadores hay especies que ya no se ven en este litoral como la almeja roja y almeja mantequilla. Estimaron que su desaparición no es por la sobre explotación sino por el cambio climático.
De acuerdo a la NOM-059 SEMARNAT 2010 hay 87 especies de peces en amenaza, de estos, solo unos cuantos son extraídos en el puerto.
Especies protegida en NOM-059 SEMARNAT 2010
Cabrilla
Atún aleta amarilla
Pargo criollo
Cazón
Fuente: CONAPESCA
En este puerto, las especies más solicitadas son: ronco, flamenco, pargo entre otras y de pesca de altura el atún.