Este término está referido a los microorganismos (virus, hongos y bacterias) y sus genomas que se encuentran en el ambiente y en los seres vivos, constituyéndose en su hábitat.
Por tal motivo, hoy 27 de junio se conmemora a la importancia que tienen los microbios para preservar la salud de los seres humanos, así como la sostenibilidad del planeta a largo plazo.
Por su parte, el microbiota comprende todos los organismos vivos que forman el microbioma. Mientras que el metagenoma comprende una colección de genomas y genes presentes en un microbiota.
En los microbiomas vegetales presentes en el suelo, las plantas y el aire se tienen implicaciones favorables en los cultivos, optimizando la producción de alimentos y fibras agrícolas.