La educación para muchas personas que habitan en zonas marginales y rurales, ha sido desatendida, intentando lograr una educación de calidad y excelencia ya que existe un sin número de factores que influyen de manera negativa en el desarrollo de las habilidades necesarias para poder integrarse en una sociedad competitiva y culturalmente desarrollada, tales como la selección y el procesamiento de la información, la autonomía, la capacidad de tomar decisiones, el trabajo en grupo y la polivalencia afectando el desenvolvimiento en el campo de trabajo, actividades culturales y vida social en general.
En localidades de alta y muy alta marginación se encuentran 56.9% de las escuelas de nivel básico y 39.9% de los planteles de educación media superior, en comparación a las localidades rurales, es decir, menores a 2500 habitantes, 57% de las escuelas son de educación básica y 30.4% de educación media superior y los preescolares indígenas con 87.3% y los comunitarios con 97.4% son los de mayor presencia en este tipo.
Entre las principales desventajas que puede contar una escuela rural se encuentran, el desconocimiento en el manejo de la tecnología y de sus aportes al aprendizaje, escaso acceso a los recursos didácticos y pedagógicos de los cuales gozan las áreas urbanas, falta de acceso a servicios públicos como agua potable y alcantarillado, acceso de los estudiantes a los Centros Educativos por caminos precarios y lodosos, horarios cortos de los estudiantes dentro de la institución debido a las inclemencias de la naturaleza.