La Procuraduría de los Derechos Humanos en el Estado de Guanajuato comprende una oficina central en León y 4 Subprocuradurías ubicadas en los municipios de Irapuato, San Miguel de Allende, Celaya y Acámbaro, que a su vez están integradas por diferentes coordinaciones tales como Educación, Vinculación y Promoción, de estas se desprende un Consejo Consultivo actualmente formado por 6 integrantes que tienen de uno a tres años en el cargo y que tienen como principal objetivo consultar y auxiliar a la Procuraduría en sus atribuciones, labor cuestionada por la sociedad, refirió José Luis Vargas Ramírez, Abogado Litigante y Activista Defensor de los Derechos Humanos .
En 2019 el presupuesto asignado por la Sexagésima Cuarta Legislatura del Congreso Local para la Procuraduría de los Derechos Humanos del Estado Guanajuato fue de 113 millones de pesos 734 mil 311 pesos, 7.92% mayor que lo destinado en 2018, recursos que se ejerció principalmente en servicios personales en un 70.97% (75 millones 984 mil 444 pesos), seguido de servicios generales con un 23.41% (25 millones 061 mil 704 pesos), lo que significa que pese a que agrupaciones de la sociedad civil y activistas no perciben una labor eficiente del organismo, éste cada vez recibe más recurso para desarrollar su labor.