El Ministerio Público es el encargado de conducir la investigación de los delitos que son reportados o son del conocimiento de las fiscalías o procuradurías, en México al cierre del 2018 existían 12 mil 036 ministerios públicos, en este indicador, Guanajuato forma parte de las 15 entidades del país que se ubican por debajo de la media nacional que es de 9.6 ministerios públicos por cada 100 mil habitantes, lo que expone un déficit de esta figura en el estado con apenas 8.7.
Derivado de esto, la entidad del bajío presentan una carga de trabajo de 245.7 carpetas de investigación por cada Ministerio Público, que lo ha posicionado en el octavo lugar nacional, donde Nuevo León lidera la tabla con 352 expedientes, ante ésto, José Luis Vargas Ramirez, Abogado Litigante y Activista Defensor de los Derechos Humanos desde hace 10 años señaló que más allá de estás deficiencias en el Sistema de Procuración de Justicia de Guanajuato, la impunidad también se debe a una ausencia de labor en la defensa de los derechos de las personas.