Los fundadores del pueblo de San Miguel hoy conocido como barrio fueron indios otomíes que antes de llegar creían en dicho arcángel, por lo que decidieron ponerle ese nombre.
De acuerdo a información del Archivo Histórico Municipal de León, todavía en 1743 se estaba construyendo la portada del templo con dinero de los pobladores y el templo quedó construido a principios del siglo XIX.
En septiembre de 1898, el gobierno ordenó la clausura del templo, por lo que un año más tarde se inició su reconstrucción ampliándola a 5 naves y el 27 de abril se terminó con la fachada principal.
Ya en tiempos más actuales, en la década de los años 60 del siglo pasado, se puso la torre en el lugar donde hasta la actualidad está edificada y el reloj en la parte central, además de las tres puertas de la fachada principal de magnifica herrería.
En 1966 se cambió el altar de cantera y en 1865 cambió de sede a su lugar actual y para 1998 se le hicieron grandes cambios al templo que es como actualmente lo conocemos.