Pese a la inconformidad social de que los animales permanezcan en cautiverio, los zoológicos son un excelente medio para el cuidado y reproducción de animales en peligro de extinción, por tal motivo el parque zoológico de León cuenta con programas para la conservación y preservación de las especies.
Actualmente se encuentran 5 especies emblemáticas y en peligro de extinción al cuidado del personal del zoológico, como el águila real, ave representativa del escudo nacional, el pavón, orangutanes, ranas y el okapi, una jirafa del bosque proveniente del Congo, siendo el parque de León, el único zoológico en Latinoamérica que apoya el programa de conservación y reproducción de su especie.
Otro de los animales más importantes y emblemáticos del estado de Guanajuato, es la rana leopardo de patas grandes que se encuentra en peligro de extinción y que se ha reproducido en el zoológico, con la finalidad de seguir preservando su especie mediante c.r.e.a, un programa para la conservación de anfibios, reproducción y posteriormente reintroducirlos a la vida silvestre.