Aunque se ha confirmado que la Presa Allende no abastece del vital líquido a los sanmiguelenses, sino a otros municipios; desde 2021, este cuerpo de agua tiene una problema mayor que el de la propia sequia: el Lirio Acuático.
El lirio es una planta acuática flotante, con raíces sumergidas cuya altura puede llegar a medir 50 cm e incluso 1 metro en condiciones muy favorables. Por lo general, las raíces logran brotar fuera del agua cuando crecen en exceso. Es originario de la cuenca del Amazonas y los lagos y pantanos de la región del Pantanal del occidente de Brasil. Se encuentra en aguas dulces tranquilas como lagos, canales, presas, arroyos y ríos.
Y es que desde 2022 la Presa Allende se convirtió en el anfitrión de esta plaga en más de la mitad de su capacidad de almacenaje, la cual es de
Más de 175 millones de metros cúbicos, con un área del embalse de 2,502.0 hectáreas a una altitud de 1,830.75 metros sobre el nivel del mar.
Esta plaga importada del amazonas provoca un exceso de falta de oxigenación y aunque se ha documentado como una buena opción para la eliminación de metales pesados que se encuentran en el agua, según expertos, produce más daño de lo que puede ayudar.
Al ser una competencia del gobierno federal, La Comisión Nacional del Agua, ha informado que se han atendido las convocatorias emitidas por el municipio de San Miguel de Allende a través de la Dirección de Medio Ambiente dentro de lo quee denominó "Plan de Acción y Manejo por Crecimiento de Maleza Acuática "Lirio" en la Presa Ignacio Allende,",en el cual se mantendrá la participación y el cumplimiento de los compromisos que deriven del mismo.