La principal fuente de abastecimiento del municipio es el agua subterránea, proveniente del acuífero del Valle de León. La estabilidad de este acuífero está en riesgo por la sobreexplotación contaminación y mal uso del agua.
Debido a las lluvias, el acuífero obtiene una recarga de 264.3 millones de metros cúbicos anuales, pero la extracción es mayor y equivale a 312.5 millones de metros cúbicos anuales, esto significa que se le extrae más agua de la que se recupera, sufriendo una sobreexplotación de 48.2 millones de metros cúbicos anuales, es decir una baja en su nivel de 1.5 metros por año.
Como conclusión lo que la naturaleza tardó millones de años en formarse está terminando en sólo 100 años.
Según Jairo Reyes Plata, catedrático de la Universidad Autónoma de México (UNAM) las solución tiene que ver con la adaptación basada en ecosistemas, soluciones basadas en la naturaleza y la instalación de infraestructura verde.