En el año de 1589 llegaron los Franciscanos a encargarse de la cura de almas del pueblo de León, tras la muerte trágica del párroco secular quien había sido asesinado cruelmente por los indios chichimecas.
Los franciscanos llegaron primero al centro de la ciudad de León y ahí construyeron la iglesia conventual y parroquial y su convento y en 1775 se fundó la iglesita de Tercera Orden, y hacia 1785, los Franciscanos construyeron un Hospicio.
Posteriormente, dejan esa parroquia y se establecieron completamente en el Barrio del Coecillo, en el cual construyeron el convento en lo que ahora es la parroquia de la Purísima Concepción.
Allí permanecieron trabajando en la evangelización y pacificación de los indígenas hasta 1767, año de la parroquia y del convento.
A principios del Siglo XX, construyen en el mismo Barrio un templo dedicado a San Francisco de Asís, el cual fue dado por el Clero secular a la Provincia Franciscana de San Pedro y San Pablo de Michoacán a cambio de las iglesias de la Tercera Orden de León, y de la de Silao, Gto.