Frente a las costas de Cabo Pulmo se encuentra el arrecife de coral más grande del Golfo de California y debido a su antigüedad podría tratarse del más viejo del Pacífico americano, por esta razón el parque cuenta con el programa denominado "Programa Manejo del Parque Nacional de Cabo Pulmo" este es un estudio que se realiza entre la Universidad Autónoma de BCS, y la CONAP para conocer cuál es la capacidad de personas puede soportar las áreas naturales protegidas, principalmente los arrecifes; los cuales son lo más visitados y que con el tiempo han sido lo más afectados.