La Dirección General de Ecología y Medio Ambiente se encuentra elaborando un diagnóstico del estado que guarda el estero de San José del Cabo; con ello se busca detectar problemas y necesidades de tipo bioecológico del terreno y, levantar un inventario de aves; ya que para 2019 se planea implementar un proyecto de nuevas especies que puedan estar en situación de vulnerabilidad. También se proyecta trabajar con el Instituto Tecnológico de Los Cabos y la Universidad Autónoma de Baja California Sur, para fortalecer la educación ambiental. Actualmente, una cuadrilla de trabajo da limpieza del terreno del pantano de lunes a domingo. El estero está abierto al púbico permanentemente.