Uno de los principales problemas a los que se enfrenta el Estero de San José son las especies exóticas invasoras las cuales han comenzado a afectar severamente el ecosistema de esta reserva natural. Especies como el lirio acuático ha tenido un impacto severo al cuerpo de agua provocando que otras especies como la tilapia que también es invasora comience a morir por la falta de oxígeno.
RAÚL VERDUGO DIRECTOR DE ECOLOGÍA Y MEDIO AMBIENTE DE LOS CABOS
En la reserva tenemos 29 especies exóticas invasoras de flora y fauna no nada más una que mediáticamente como se menciona lo que es el lirio acuático el lirio acuático es una de la 29 que tenemos ahí en la reserva ecológica tenemos otra que es la tilapia otra que es el manto de la virgen el pino salado y otras más gatos y perro y otras más
Verdugo Montaño aseguró que incluso en la reserva se han encontrado especies como gatos y perros en situación de abandono lo cuales en la búsqueda de supervivencia han comenzado a afectar a aves como la mascarita peninsular esto al comerse sus huevecillos o incluso a sus crías provocando que la población de esta especie se comience a ver afectada.
Mencionó que es necesario que la población haga conciencia sobre el impacto que se está generando a este ecosistema afirmando que de seguir presentándose estas acciones será muy difícil que en algún momento las especies que no pertenecen a la reserva se puedan erradicar por completo de ella.