Por otro lado, en materia de seguridad, la Asociación Civil "Por Querétaro Todo", dio a conocer que en la capital queretana identificaron casillas con un mayor riesgo de conflicto electoral este 6 de junio en zonas como Santa Rosa Jauregui, San Pedrito Peñuelas, Pie de la Cuesta, Menchaca, es decir la zona norte.
Por su parte las autoridades electorales señalan que no habrá necesidad de tener especial atención en algunos puntos o no se detectan puntos rojos, ya que garantizan seguridad para las elecciones. Por lo tanto no habrá algún operativo específico no se planea patrullas fuera de casillas simplemente señalan que habrá una coordinación entre corporaciones.