La pandemia por el Covid-19 dejó problemas económicos en la entidad, muchos de los trabajadores perdieron sus empleos, por lo que tuvieron que recurrir a prórrogas de pago. Ante esto el Infonavit comentó que durante esta contingencia sanitaria apoyo a 4,650 trabajadores con prórrogas de pago de hasta 6 meses, esto para que no se vieran afectados y perdieran su patrimonio.