El museo marino fue inaugurado en el 2008, y nunca ha operado como tal.
Fue en el 2013 que se trató de reactivar, sin embargo en el impacto del huracán Odile en el 2014 fue uno de los recintos culturales que sufrieron daños en su totalidad.
Ahora en el 2018 el museo marino ubicado en el Centro Histórico de San José del Cabo es un elefante blanco.
BITE.- PATRICIA MENDOZA PROMOTORA DE ARTE.- RETOMAR LO QUE ES EL MUSEO MARINO QUE POR AÑOS HA ESTADO ABANDONADA DENTRO DEL CENTRO HISTÓRICO
La situación de los museos en Los Cabos se debe a cuestiones administrativas municipales.
BITE.- ALAN CASTRO, DIRECTOR GENERAL DEL INSTITUTO LA CULTURA Y LAS ARTES - EL MUSEO MARINO NO FORMA PARTE DEL INSTITUTO DE LAS ARTES, MUCHA GENTE LO PIENSA ASÍ, QUE HA HABIDO CIERTA PASIVIDAD RESPECTO AL TEMA DEL MUSEO MARINO, ES IMPORTANTE DARLE CERTEZA JURÍDICA AL TEMA DEL MUSEO, EN PRIMERA DETERMINAR DE QUE ÁREA MUNICIPAL DEPENDE, ESTA EN UN LIMBO JURÍDICO QUE ESTÁ BASTANTE INTERESANTE Y DIGNO DE ANÁLISIS, PARA NOSOTROS SERÍA HASTA CASI ILEGAL METERLE DINERO AL MUSEO MARINO, CUANDO NO FORMA PARTE DE NUESTROS BIENES,
Para poder habilitar el museo marino que desde hace 4 años está en el abandono, necesita ser asignado a un área municipal que se haga cargo de él, en la misma situación se encuentra el museo de historia natural de Cabo San Lucas.
BITE.- ALAN CASTRO, DIRECTOR GENERAL DEL INSTITUTO LA CULTURA Y LAS ARTES.- EN PRIMERA TENDRÍA QUE DEFINIRSE CON CERTEZA DE DONDE FORMA PARTE Y SI VA A SER INCLUÍDA EN UNA ÁREA POR EJEMPLO QUE SE DECIDA QUE FORME PARTE DEL INSTITUTO DE LA CULTURA Y LAS ARTES, NECESITARÍA EL INSTITUTO RECIBIR MAYORES RECURSOS PARA PODERLO REMODELAR, DE IGUAL MANERA SUCEDE CON EL MUSEO DE HISTORIA NATURAL DE CABO SAN LUCAS
El principal motivo de las afectaciones del Museo Marino es que la infraestructura no es la adecuada para funcionar como un museo.
BITE.- ALAN CASTRO, DIRECTOR GENERAL DEL INSTITUTO LA CULTURA Y LAS ARTES.- SI DE QUE TUVO GRANDES DAÑOS DESDE MI MUY PERSONAL PUNTO DE VISTA NO PUEDE QUERERSE REMODELAR COMO MUSEO CUANDO TIENE UN TECHO DE LÁMINA, YO CREO QUE PARTIENDO DE AHÍ, SI VAS A TENER PIEZAS PALEONTOLÓGICAS DE TANTA IMPORTANCIA Y TRASCENDENCIA, LO PRIMERO ES QUE EN LUGAR DE QUE PAREZCA UN SALÓN DE XV AÑOS PUES SE ADAPTE REALMENTE COMO UN MUSEO, PORQUE LA MUSEOGRAFÍA, NI LA ILUMINACIÓN, NI LAS ESCALERAS SON SEGURAS LAS QUE TE LLEVAN AL SEGUNDO PISO.
Actualmente las instalaciones del museo marino sirven para que la Orquesta Juvenil de Los Cabos realice sus ensayos.