Según Jesús M. Montiel, Presidente del Grupo Ecologista de San José, el retroceso del progreso en Los Cabos inició a partir del año 80 en que se construyó un hotel dentro del área de la reserva de humedales. El estero josefino pierde agua por consumo hotelero.
Además del problema de la colindancia con la planta tratadora de FONATUR, el estero sufre la contaminación por basura. Ante esto, CaboConmigo, movimiento ciudadanos, convocó por redes sociales a participar en su Reto: Limpieza del Estero, Una responsabilidad social, que se realizará el viernes 26 de abril a las 8 de la mañana.