La operación del acueducto independencia está afectando el desarrollo del sur de Sonora. desde su inicio tiene un acumulado de 250 millones de metros cúbicos extraídos lo que significa, 30 mil hectáreas de riego en el Valle del Yaqui.
Desde 2010 a la fecha se han interpuesto 12 amparos, algunos de ellos colectivos, estos han sido promovidos por la Tribu Yaqui, los módulos de riego, los ejidos, además de controversias constitucionales por parte de los municipios de Cajeme y San Ignacio Río Muerto.
Pese a las resoluciones de los juzgados la operación del Acueducto Independencia continúa, pero el problema pone en alerta al sur de Sonora, ya que se busca incrementar la extracción, bajo el argumento que es para consumo humano de la capital sonorense, sin embargo en los últimos años el desarrollo de Hermosillo ha incrementado dejando en desventaja al municipio de Cajeme.