El origen de Cajeme fue una estación de tren
En 1907 la compañía Ferrocarriles Sud Pacífico instaló una estación de bandera nueve kilómetros al sur de Cócorit para abastecer de agua a las locomotoras de vapor.
La estación fue bautizada con el nombre de Cajeme, en honor al cabecilla de los yaquis que luchó contra éstos como efectivo del ejército porfiriano
La estación Cajeme, conocida por los lugareños como "el dipo", estaba a cargo del norteamericano Bert Cameron, superintendente, y de Emilio Estrella, jefe de la estación.
Ellos y sus esposas fueron los primeros pobladores de Estación Cajeme. Poco después llegaron los vaqueros encargados de los corrales del ganado que desde aquí se mandaba por tren a otras regiones.
Enseguida vinieron Las fonderas que daban de comer a los vaqueros; luego se arrimaron vecinos de Esperanza, Cócorit y pueblos circunvecinos que quisieron estar más cerca de los campos del valle donde trabajaban.
De ese modo, poco a poco se terminó de fundar Cajeme como municipio en 1927. Siendo esta estación de tren, donde inició todo.
En 1980 con la llegada de más transporte urbano como camiones, los trenes empezaron a ser menos frecuentados por pasajeros y con el tiempo los vagones se convirtieron unicamente de carga, hasta hoy en día.
A pesar de que el periodista Sergio Anaya, considera que realmente no es necesario, aun así hay quienes añoran estos tiempos y desean que vuelva el servicio de transporte en trenes.
El tema cobra fuerza cuando en Sonora corre peligro una reserva natural en Imuris, donde pretenden colocar vías de tren y acabar con este ecosistema. Los colectivos en pro del medio ambiente lo llaman Ecosidio, e incluso han marchado para evitar que el gobierno estatal tome esta medida que podría cabar con cientos de animales y flora.