Existe una crisis de escasez de agua provocada por la contaminación, sobreexplotación, urbanización acelerada y acaparamiento, de acuerdo con un informe especial de la asociación Bajo Tierra Museo del Agua.
Se estima que el río Querétaro, el río El Pueblito y el arroyo Jurica "están fuertemente contaminadas por descargas domésticas, industriales y agropecuarias".
Expertos en el tema explican que en nuestro país existe deficiencia en el tratamiento de las aguas municipales, es decir la mezcla de aguas domésticas con aguas residuales de establecimientos y comercios