El Tren México-Querétaro ya tiene definidas las ubicaciones de sus estaciones dentro del estado: en Querétaro capital, la terminal se construirá cerca de la Antigua Estación del Tren, en la zona del Centro Histórico, abarcando 9.3 hectáreas. En San Juan del Río, se ubicará cerca de Los Frailes, en un predio de 13.4 hectáreas.
Además, el megaproyecto incluye estaciones en Tula, Hidalgo, y en Buenavista, Ciudad de México, así como la construcción de 49 puentes, 6 túneles, 14 viaductos, 197 pasos vehiculares, 42 peatonales y 200 obras de drenaje.
Con un costo estimado de 144 mil 99 millones de pesos, el tren recorrerá 230 kilómetros y cruzará por 21 municipios, incluyendo cinco de Querétaro. Las obras comenzarán en abril y se prevé que el tren entre en operación entre 2027 y 2029.